Από τα μέσα της δεκαετίας του 1480, ο ντα Βίντσι καταπιανόταν με όλα σχεδόν τα επιστημονικά πεδία. Σώζονται ως σήμερα σπουδές του και σχέδια, όχι μόνο για στρατιωτικό εξοπλισμό, χάρτες για τις εκστρατείες του Καίσαρα, έργα αποξήρανσης αλλά για ευφάνταστες ιπτάμενες μηχανές, μελετώντας σχολαστικά την αεροδυναμική και παρατηρώντας το πέταγμα των πουλιών. Τα σχέδια του και οι εφευρέσεις του ξεπερνούσαν συχνά κατά πολύ τις τεχνικές δυνατότητες της εποχής. Την ίδια περίπου περίοδο εργάστηκε ως σύμβουλος αρχιτέκτονας στον καθεδρικό ναό του Μιλάνου, ενώ το διάστημα 1495-1498, μετά από παραγγελία του Λουδοβίκου Σφόρτσα ζωγραφίζει τον “Μυστικό Δείπνο” και την Παναγία των Βράχων. Τον Μάρτιο του 1503 βρίσκεται στη Φλωρεντία, όπου ξεκινά να εργάζεται πάνω στο περίφημο έργο του, την Μόνα Λίζα. Λίγο αργότερα αρχίζει την τοιχογραφία Η Μάχη του Ανγκιάρι για την αίθουσα συνεδριάσεων του Παλάτσο Βέκιο, έργο που θα μείνει ημιτελές.
Εμείς θα σας παρουσιάσουμε ένα από τα σχέδιά του που έχει να κάνει για την ανατομία του σώματος. Συνουσία άντρα και γυναίκας (1492)
Τον Απρίλιο του 1489 ξεκίνησε τη συγγραφή ενός βιβλίου υπό τον τίτλο “Περί της ανθρώπινης μορφής”, το οποίο όμως δεν ολοκλήρωσε ποτέ. Παράλληλα έκανε διάφορες μελέτες πάνω στην ανθρώπινη ανατομία, συγκρίνοντας τις «θεωρίες» του με τη μοναδική σωζόμενη σχετική θεωρία που υπήρχε την εποχή εκείνη, τον Άνθρωπο του Βιτρούβιου. Ο Βιτρούβιος είχε καταλήξει στο συμπέρασμα πως το ανθρώπινο σώμα -με τα χέρια σε έκταση- μπορούσε να χωρέσει στα δύο τέλεια γεωμετρικά σχήματα, τον κύκλο και το τετράγωνο και πως το κέντρο του σώματος ήταν ο αφαλός. Ο Λεονάρντο, με τις δικές του μελέτες, διόρθωσε κάποιες ανακολουθίες του Βιτρούβιου. Αν και η γνώση των ανθρώπινων διαστάσεων και αναλογιών ήταν δεδομένη για πολλούς από τους καλλιτέχνες του 15ου αιώνα, ο Λεονάρντο ήταν ο μοναδικός που επιχείρησε τόσο λεπτομερείς μελέτες. Είναι ακόμα γνωστό από αρκετά σχέδια του, πως μελετούσε τις διαστάσεις του ανθρώπινου κρανίου και τις κοιλότητες του εγκεφάλου. Επίσης είχε κάνει αρκετές μελέτες πάνω στην εγκυμοσύνη και την ανατομία της γυναίκας κατά την διάρκεια αυτής. Φημολογείται πως τα περισσότερα από τα πειράματα του τα έκανε πάνω σε έγκυες ενώ βρίσκονταν ακόμα εν ζωή. Σε ένα από τα σχέδια του, αποτυπώνει την αντίληψη που κυριαρχούσε κατά τον Μεσαίωνα σύμφωνα με την οποία ο εγκέφαλος αποτελείται από τρία τμήματα, το ένα πίσω από το άλλο, με το πρώτο να προσλαμβάνει τα ερεθίσματα, το δεύτερο να τα επεξεργάζεται και το τρίτο να τα αποθηκεύει. Επιπλέον διασώζεται σχέδιο του ντα Βίντσι που αναπαριστά τη συνουσία ενός άνδρα με μια γυναίκα, το οποίο εντάσσεται πιθανότατα σε γενικότερες μελέτες του γύρω από την λειτουργία των εσωτερικών οργάνων του ανθρώπου. Ο Λεονάρντο διατύπωσε διάφορες απόψεις σχετικά με την επίδραση και τη λειτουργία ουσιών που συνδέονται με διαφορετικά μέρη του σώματος. Πίστευε χαρακτηριστικά πως τα δάκρυα προέρχονταν από την καρδιά, το κέντρο όλων των συναισθημάτων. Η σημασία αυτών των θέσεων -έστω και λανθασμένων – έγκειται στο γεγονός πως οι ερμηνείες για τα ανθρώπινα συναισθήματα συνδέονταν με συγκεκριμένα όργανα του σώματος.